殻の直径が4-5 cmの中型のウニです。ウニを手にとって上方にかざし、殻の輪郭を見ますと、楕円形であることが分かります。普通ウニの殻は上から見ると正円形ですが、本種だけは楕円形をしていて、これによってすぐに他種と区別できます。和名もこれによって名付けられています。
ナガウニは典型的なサンゴ礁性のウニで、沖縄などのサンゴ礁のイシサンゴ類の群衆の間には非常に多くの個体が見つかります。最近の研究により、これまで1種だと思われていたナガウニには4つの型があり、それぞれ別種であろうと考えられるに至りました。しかしそれぞれには未だ学名は付いていません。写真は串本付近で最も普通に見られるツマジロナガウニ(仮称)です。